到了21世纪初，情况又有了变化。911事件和伊拉克战争，再加上金融风暴成了本世纪影响美国的三大事件。美国人从上世纪90年代的乐观、享乐、自大情绪中逐渐清醒过来，发展自身仍然面临着诸多的问题。表现在科幻电影方面，后911的末世情绪忽然浓厚了起来，不管是《科洛弗档案》（哥斯拉还是外星怪物其实都一样）还是《迷雾》（片中只说怪物源自军方的实验，但完全可以推测为开启了外星之门），或者无关外星人的《末日危途》都带有一种形而上的绝望气氛：如果说上世纪50年代科幻片的恐惧是那种对潜在的危险越想越怕的内在心理恐惧，那么如今的科幻电影则是患得患失，担心稳定的社会遭到恐怖打击的外在焦虑。
经历了911之后，美国人忽然发现自己的航母群、隐形战斗机甚至电磁炮都无法保证安全，世界很容易在未知力量的打击下崩坏坍塌。《迷雾》中的外星怪物直到影片结尾才惊鸿一瞥地露面，整部影片其实都在讲人心面对恐惧所做出的反映——最后出现的极其巨大的怪物打破了主人公最后的希冀，这个场面简直具有了一种启示录式的宗教意味。即将上映的《洛杉矶之战》也是这种恐惧心理的延伸——由海军陆战队而不是以往美国科幻片中的空军来对抗外星人，其肉搏的态势和保家卫国心态都是50年代以来科幻片中所没有的。
在如今的科幻电影中，外星入侵者由“赤色威胁”、“异己”、“集体法西斯主义”变形成了“恐怖分子”、“弱势群体”、“不明势力”、“极端分子”的形象。《第九区》堪称最好的例子，外星人的“入侵”从武力进攻变成了“移民问题”，影片甚至写实性地描写到了外星人用自己的技术、物资领取黑市狗粮度日，政府把外星人聚居区变成了贫民窟。卡夫卡《变形记》中的身份恐惧在影片中落实到了“公民——移民”身份之间，政治、婚姻、宗教、种族等等软性问题（而不是50年代科幻电影中关于“体制”这样的宏大话题）反映了当今社会新的“自我”与“他者”矛盾。
从外星人入侵地球这一好莱坞科幻题材中，最典型的反映了科幻电影的特征，那就是：科幻电影总在或显或隐地把时代的恐惧表现出来。美国电影学者约翰·巴克斯特写过一本书叫《电影中的科幻小说》，有一段话非常好地概括了科幻电影的特质：
“……无论它的社会学重要性如何，科幻电影仍是一种激起美感的基本手段。它是原子能时代的诗，是使我们意识到自己现在是何物和将会成为何物的警句。它还是对奇丽的美感及高雅幽默感的传统的承继者，而这种传统已被某种想象出的技术从我们身上剥夺殆尽。正如40年代的流行音乐使人更多地联想到那个时代的躁动和时尚而不是它自以为附丽的文学，科幻电影这样的现象或许终会有一天被人们视为比其他艺术门类更完整地代表着产生它的这个年代的历史性烦忧。”